Dinas Ketahanan Pangan Papua Barat Daya dibentuk berdasarkan Qanun Aceh Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Aceh. Sejak awal berdiri, dinas ini fokus pada peningkatan produksi pangan, distribusi, dan konsumsi pangan masyarakat Provinsi Papua Barat Daya.
Pada tahun 2020, dinas ini mengalami perubahan nomenklatur dan diperluas fungsinya mencakup keamanan pangan segar serta penguatan cadangan pangan daerah. Hingga kini, Dinas Ketahanan Pangan Papua Barat Daya terus berkomitmen mewujudkan kemandirian pangan di Provinsi Papua Barat Daya.